abstract_and_bio.txt

   1 antiSMASH: Searching for New Antibiotics Using Open Source Tools
   2 ----------------------------------------------------------------
   3
   4 Ever since Alexander Fleming discovered the first antibiotic being produced by
   5 a Penicillium mould in 1928, scientists have been searching bacteria and fungi
   6 for new substances to combat infectious diseases. In the last 40 years however,
   7 only few new substances have been discovered that actually reached the market.
   8 In the arms race between bacteria developing new resistances and humanity
   9 developing new antibiotics, a more organized approach on drug discovery can
  10 keep us from falling behind. With the advent of high throughput genetic
  11 sequencing, a large number of bacterial genome sequences have become available
  12 for analysis. Rather than testing every candidate strain for antimicrobial
  13 activity and then painstakingly isolating and characterizing the substance
  14 causing this activity, it has now become viable to predict the substances a
  15 bacterium can produce using computer-based prediction algorithms.
  16
  17 antiSMASH is an Open Source pipeline that combines all published methods for
  18 predicting antibiotics and other interesting small-molecular substances
  19 produced by bacteria and fungi from their genomic sequence. By combining
  20 existing Open Source tools with reimplementation of published but proprietary
  21 prediction methods, antiSMASH manages to provide life scientists with a
  22 user-friendly web interface and publication-quality illustrations.
  23
  24 This talk will present to the interested non-biologist how the whole process of
  25 going from sequence information to prediction of produced antibiotics is done,
  26 requiring as little previous knowledge in mathematics and biology as possible.
  27 The author will also talk about the differences in developing Open Source
  28 software in an academic environment as compared to traditional OSS development.
  29
  30
  31
  32 Bio
  33 ---
  34 Kai Blin is a computational biologist by trade and Open Source developer by
  35 passion. During the day he is helping to identify new antibiotics to combat
  36 diseases. Being more of a network and systems programmer in his spare time,
  37 the Samba Team member feels lucky to be able to also work on Open Source
  38 software on his day job.